Pouco depois de sua segunda aventura, Através do Looking-Glass , casa de Alice é queimada por um incêndio acidental, matando sua família e deixando-a como o único sobrevivente. Enquanto o tempo avança Alice perde o contato com a realidade. Ela está institucionalizada no Asilo Rutledge, onde ela é observada e tratada pelo Dr. Wilson Heironymous. Posse apenas de Alice no Rutledge é um coelho de pelúcia. Dez anos depois de Alice estava comprometido com Rutledge, ela se vê sugado de volta para umpaís das maravilhas que foi torcido por sua própria mente quebrada. O Coelho Brancoconvoca Alice a ajudar um país das maravilhas radicalmente alterado, que se tornou uma versão distorcida de si mesmo como ele veio sob a regra horrível da Rainha de Copas . O Gato de Cheshire serve como companheiro de Alice durante todo o jogo, muitas vezes aparecendo para guiá-la com comentários enigmáticas.
